Можно ли списывать деньги по исполнительному листу, если срок его действия истёк?

У Вас не совсем правильная информация.

Как такового нет такова, что срок действия ИЛ 3 года.

Это 3 года для предъявления на исполнение приставам в соответствии со ст.21 ФЗ "Об исполнительном производстве".

Федеральный закон об исполнительном производстве. Статья 21. Сроки предъявления исполнительных документов к исполнению

1. Исполнительные листы, выдаваемые на основании судебных актов, за исключением исполнительных листов, указанных в частях 2, 4 и 7 настоящей статьи, могут быть предъявлены к исполнению в течение трех лет со дня вступления судебного акта в законную силу. Исполнительные листы, содержащие требования о возвращении на основании международного договора Российской Федерации незаконно перемещенного в Российскую Федерацию или удерживаемого в Российской Федерации ребенка, предъявляются к исполнению в течение одного года со дня вступления в законную силу судебного акта.

(в ред. Федеральных законов от 05.05.2014 N 126-ФЗ, от 08.03.2015 N 57-ФЗ)

Однако после возвращения ИЛ взыскателю в связи с невозможностью исполнения взыскания, этот срок 3 года начинает течь занова. Потом ИЛ может быть предъявлен приставам через 6 мес.

Так что в Вашем случае такое возможно, только надо смотреть испол_производство по срокам возврата и предъявления ИЛ.