Написала рапорт по семейным обстоятельствам из-за смерти брата - будут ли вычтены отпускные дни?

Если в заявлении указано, что за свой счёт, то нет, не вычтут.

Не совсем понятно. Если рапорт, то военнослужащий. Если заявление, то работник.

Основной отпуск военнослужащего не зависит от продолжительности отпуска по личным обстоятельствам.

Федеральный закон от 27.05.1998 N 76-ФЗ (ред. от 01.07.2021) "О статусе военнослужащих"

Статья 11. Служебное время и право на отдых

10. Отпуск по личным обстоятельствам на срок до 10 суток предоставляется военнослужащему в случаях:

тяжелого состояния здоровья или смерти (гибели) близкого родственника военнослужащего (супруга, отца (матери), отца (матери) супруга, сына (дочери), родного брата (родной сестры) или лица, на воспитании которого находился военнослужащий;

пожара или другого стихийного бедствия, постигшего семью или близкого родственника военнослужащего;

в других исключительных случаях, когда присутствие военнослужащего в семье необходимо, - по решению командира воинской части.

Продолжительность отпуска по личным обстоятельствам, предоставляемого военнослужащему в соответствии с настоящим пунктом, увеличивается на количество суток, необходимое для проезда наземным (водным, воздушным) транспортом к месту использования отпуска и обратно.