Вопрос - Есть ли срок давности для увольнения за проступок, выявленный при аудиторской проверке спустя несколько лет?

Если говорить о нормах ТК РФ - то вот что находим -

ТК РФ Статья 193. Порядок применения дисциплинарных взысканий

До применения дисциплинарного взыскания работодатель должен затребовать от работника письменное объяснение. Если по истечении двух рабочих дней указанное объяснение работником не предоставлено, то составляется соответствующий акт.

Непредоставление работником объяснения не является препятствием для применения дисциплинарного взыскания.

Дисциплинарное взыскание применяется не позднее одного месяца со дня обнаружения проступка, не считая времени болезни работника, пребывания его в отпуске, а также времени, необходимого на учет мнения представительного органа работников.

Дисциплинарное взыскание, за исключением дисциплинарного взыскания за несоблюдение ограничений и запретов, неисполнение обязанностей, установленных законодательством Российской Федерации о противодействии коррупции, не может быть применено позднее шести месяцев со дня совершения проступка, а по результатам ревизии, проверки финансово-хозяйственной деятельности или аудиторской проверки - позднее двух лет со дня его совершения. Дисциплинарное взыскание за несоблюдение ограничений и запретов, неисполнение обязанностей, установленных законодательством Российской Федерации о противодействии коррупции, не может быть применено позднее трех лет со дня совершения проступка. В указанные сроки не включается время производства по уголовному делу.

За каждый дисциплинарный проступок может быть применено только одно дисциплинарное взыскание.

Приказ (распоряжение) работодателя о применении дисциплинарного взыскания объявляется работнику под роспись в течение трех рабочих дней со дня его издания, не считая времени отсутствия работника на работе. Если работник отказывается ознакомиться с указанным приказом (распоряжением) под роспись, то составляется соответствующий акт.

Дисциплинарное взыскание может быть обжаловано работником в государственную инспекцию труда и (или) органы по рассмотрению индивидуальных трудовых споров.

Таким образом, за совершенное в 2018 году не могут применить дисциплинарное взыскание и уволить по этому основанию.

Как я понял состава уголовно наказуемого деяния нет?

Но работодатель может выдавить за проступок не так грубо... и быстро... хотя всё конкретно!

Одним из оснований для увольнения по инициативе работодателя является увольнение из-за неоднократного неисполнения трудовых обязанностей, если работник имеет дисциплинарное взыскание (п. 5 ч. 1 ст. 81 ТК РФ). Однако при расторжении трудового договора по данному основанию работодатель нередко допускает ошибки, ввиду которых работник может быть восстановлен в прежней должности

Проще говоря за однократное нарушение не увольнять должно быть несколько нарушений и это можно легко обжаловать

А что качается ответа на Ваш вопрос подозреваю что вы бухгалтер, у которого после проверки аудитором выявлены нарушения

Ну во первых думаю не все ошибки ваши лично, что допустил и директор вместе с учредителями, а во вторых по сроки давности надо смотреть даты периодов проверки, если проверяемые периоды до второго полугодия то сроки прошли, а если проверялись 3,4 квартал 2018 то не вышли.