Куда следует обратиться, если на участке грунтовые воды топят фундамент дома жилого?

В изложенной Вами ситуации вины органов местного самоуправления я не вижу. Из тех полномочий, которые есть у органа местного самоуправления, можно отметить полномочия в сфере водоотведения. На это и ссылалась комиссия МЧС, дав главе поселения указания посодействовать в подключении дома к центральной канализационной системе.

Федеральный закон от 06.10.2003 № 131-ФЗ («Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации»

Статья 17. Полномочия органов местного самоуправления по решению вопросов местного значения

1. В целях решения вопросов местного значения органы местного самоуправления поселений, муниципальных районов, городских округов, городских округов с внутригородским делением и внутригородских районов обладают следующими полномочиями:

4.3) полномочиями в сфере водоснабжения и водоотведения, предусмотренными Федеральным законом «О водоснабжении и водоотведении».

А это то что нужно сделать УК

Вокруг дома, на расстоянии 1–3 м от стен, нужно выкопать траншею. От неё с каждой стороны следует вырыть отводы по 4–5 м, создать достаточный уклон в сторону сборного коллектора, на углах сделать смотровые колодцы. Водоотвод на участке может быть поверхностным и заглублённым.