Стоит ли выплачивать штраф за обучение по целевому договору в медицинском вузе?

Должен.

Согласно п. 20 Постановления Правительства РФ от 13 октября 2020 г. N 1681

1. В типовом договоре на целевое обучение так и прописано - меры поддержки. Это меры материального стимулирования, оплата платных образовательных услуг, предоставление в пользование и (или) оплата жилого помещения в период обучения, словом - все затраты на ваше обучение.

2. Если гражданин не исполнил обязательства по осуществлению трудовой деятельности в связи с незавершением освоения образовательной программы на условиях договора о целевом обучении, размер штрафа определяется в соответствии с нормативными затратами пропорционально доле, которую составляет период фактического обучения по образовательной программе (дней) от срока обучения по образовательной программе, установленного федеральным государственным образовательным стандартом, федеральными государственными требованиями (с учетом формы обучения и иных условий, установленных федеральным государственным образовательным стандартом, федеральными государственными требованиям (п.58)

3. Заказчик в случае неисполнения обязательств по трудоустройству гражданина или гражданин в случае неисполнения им обязательств по осуществлению трудовой деятельности в течение 3 лет выплачивают штраф образовательной организации в размере расходов федерального бюджета, бюджета субъекта Российской Федерации или местного бюджета, осуществленных на обучение гражданина не позднее 12 месяцев со дня получения требования о выплате штрафа и в порядке.

Удачи.