Если работодатель не платил за за меня страховые взносы, входит ли этот период в льготный стаж (морской)?

Если должен был платить - тогда будете иметь возможность обжаловать отказ, если он будет, в назначении досрочной пенсии: само по себе: нарушение работодателем обязанностей перед государством - не может повлечь ухудшения положения работника, в том числе и в области пенсионного обеспечения.