Майор без выслуги лет - может ли ветеран вернуть деньги за перелеты в санаторий?

Да, Вы имеете на это право. Данный вопрос неоднократно был предметом рассмотрения судов, но все приходят именно к этому решению.

В соответствии с ч. 5 ст. 20 Федерального закона от N 76-ФЗ «О статусе военнослужащих» прапорщики и мичманы, уволенные с военной службы по достижении ими предельного возраста пребывания на военной службе, состоянию здоровья или в связи с организационно-штатными мероприятиями, общая продолжительность военной службы которых составляет 20 лет и более, имеют право на проезд на безвозмездной основе железнодорожным, воздушным, водным и автомобильным (за исключением такси) транспортом на стационарное лечение в соответствии с заключением военно-врачебной комиссии или в санаторно-курортные и оздоровительные учреждения и обратно (один раз в год).

Данное положение Федерального закона не ограничивает круг санаторно-курортных и оздоровительных учреждений и не предусматривает, что эти учреждения обязательно должны относиться к ведению Министерства обороны РФ либо иного федерального органа исполнительной власти, в котором федеральным законодательством предусмотрена военная служба. Обстоятельство того, что Центральный военный клинический санаторий «Хмельник» не находится в ведении Министерства обороны РФ либо иного федерального органа исполнительной власти, в котором федеральным законодательством предусмотрена военная служба, не является основанием для отказа в возмещении истцу расходов на проезд по территории Российской Федерации.