Прошло два собрания оба собрания имеют кворум как быть?

В Вашем вопросе кроме того что было два собрания - информации ноль.

О чем собрания? По каким вопросам?

Где протоколы?

Вы думаете что тут экстарсенсы сидят? Или что за вас бесплатно еще и додумывать вопрос нужно?

Это значит что собрания проведены при кворуме и принятые решения правомочны, законны.

Если есть сомнения - найдите неголосовавших лиц и обращайтесь в прокуратуру, если считаете что принятые решения незаконны или есть нарушения, злоупотребления при проведении собрания, голосовании.

Последнее Решение общего собрания будет действующим и его же подают в ИФНС.

Можно - путем подачи искового заявления в суд об обжаловании этого Протокола собрания.

ГК РФ Статья 181.5. Ничтожность решения собрания

Если иное не предусмотрено законом, решение собрания ничтожно в случае, если оно:

1) принято по вопросу, не включенному в повестку дня, за исключением случая, если в заседании или заочном голосовании приняли участие все участники соответствующего гражданско-правового сообщества;

(в ред. Федерального закона от 28.06.2021 N 225-ФЗ)

(см. текст в предыдущей редакции)

2) принято при отсутствии необходимого кворума;

3) принято по вопросу, не относящемуся к компетенции собрания;

4) противоречит основам правопорядка или нравственности.