Как правильно оформить наследство в случае смерти обоих родителей и единственным наследником?

Не будет нарушением.

Добрый день!

После смерти каждого наследодателя открывается исключительно ОДНО наследственное дело. Наследственные дела заводяться по умершему, а не по наследственным объектам

наследственные дела надо открывать одновременно, чтоб не пропустить срок для обращение с заявлением 6 месяцев, если ни с кем из родителей Вы прописаны не были.

Яна, Вас кто-то неверно информировал о фактическом принятии наследства. Для этого не обязательно наследнику быть зарегистрированным вместе с наследодателем. Надо проживать в жилом помещении, принадлежащем наследодателю. Разница существенная. Рекомендую с документами на обе квартиры проконсультироваться лично.

Разобравшись с наличием или отсутствием фактического принятия наследства вашей мамой, следует определиться с дальнейшими действиями по принятию наследства. В любом случае два наследства налицо (не больше и не меньше). Если мама все же фактически приняла наследство к имуществу отца, а Вы его не примете, тогда можно только имущество мамы наследовать (в которое войдет и все имущество отца).

Если же мама точно не приняла наследство отца фактически, то Вам либо принимать наследство отца сразу по двум основаниям: по закону и в порядке наследственной трансмиссии вместо мамы, либо можно заявить о принятии наследства только в порядке наследственной трансмиссии, а по закону не принимать (все равно тогда по трансмиссии примете все наследство отца).

Никаких нарушений. Принимать или не принимать наследство решает наследник. Нотариусам, конечно, скорее всего, захочется получить побольше за работу по оформлению документов. Надо выбирать нотариуса по рекомендациям.