Отказ в замене водительского удостоверения из-за пустых полей - правомерен ли он?

Да, правомерен.

Есть вот такой вот 2021.02.01 Приказ Минздрава России "Об утверждении порядка проведения обязательного медицинского освидетельствования водителей транспортных средств (кандидатов в водители транспортных средств), порядка выдачи и формы медицинского заключения о наличии (об отсутствии) у водителей транспортных средств (кандидатов в водители транспортных средств) медицинских противопоказаний, медицинских показаний или медицинских ограничений к управлению транспортными средствами, а также о признании утратившими силу отдельных приказов Министерства здравоохранения Российской Федерации" опубликован на официальном интернет-портале правовой информации 30 ноября 2021 года.

4. Сведения в медицинское заключение должны быть внесены во все его строки и таблицы. В случае если внесение соответствующих сведений в ту или иную строку и таблицу медицинского заключения невозможно ввиду их отсутствия, в медицинском заключении делается запись "не установлено".

Еще одно новое требование при оформление медсправок - это заполнение абсолютно всех полей документа. Если на практике окажется, что в какое-то поле записать нечего, то в него вносится фраза "не установлено".

После исправления можете подать заново.