Ест ли есть иное решение вопроса без начисления пени?

В вашей ситуации решения нет.

Согласно п.5 ст.79 НК РФ по заявлению налогоплательщика и по решению налогового органа сумма излишне уплаченного налога может быть направлена на исполнение обязанностей по уплате налогов или сборов, на уплату пеней, погашение недоимки, если эта сумма направляется в тот же бюджет (внебюджетный фонд), в который была направлена излишне уплаченная сумма налога. Налоговые органы вправе самостоятельно произвести зачет в случае, если имеется недоимка по другим налогам.

Однако, НДФЛ направляется в бюджеты субъектов РФ в полной сумме, а единый налог по УСН или на вмененный доход- распределяется меду разными уровнями бюджетов и социальных фондов, поэтому зачет между ними невозможен.

За пользование излишне уплаченной суммой налога государство уплачивает налогоплательщику те же проценты, что и налогоплательщик- за просрочку уплаты налога. Однако государство само себе предоставило льготу- проценты платятся только за просрочку возврата налога по заявлению плательщика, до истечения срока возврата налогоплательщик сидит в дураках и копит сумму пеней, а государство- бесплатно владеет переплатой налога и одновременно начисляет пени налогоплательщику за недоимку по другой статье. Некоторый вред все же у государства есть- оно не может финансировать расходы по одной из статей, а переплатой по другой статье тоже не может вполне распорядиться- ее нужно будет возвратить плательщику.