Как ГАИ проверяют отметку АТ в правах?

Зависит именно от инспектора, если будет придираться сильно, то обязательно привлечет по КОАП, но опять же практика показывает, что в большинстве случаев не будет ничего. Также было много случаев, когда первый раз останавливая с отметкой АТ на механике инспектора просто сообщали о том, что вы не имеете права управлять автомобилем на механике, и просто отпускали. И мое личное мнение - в будущем будут штрафовать за это чаще, просто пока еще не прижилось данное явление.

Статья 25. Основные положения, касающиеся допуска к управлению транспортными средствами

(в ред. Федерального закона от 07.05.2013 N 92-ФЗ)

Лицам, сдавшим экзамены на транспортных средствах с механической трансмиссией, предоставляется право на управление транспортными средствами соответствующей категории или подкатегории с любым видом трансмиссии.

Лицам, сдавшим экзамены на транспортных средствах с автоматической трансмиссией, предоставляется право на управление транспортными средствами соответствующей категории или подкатегории только с автоматической трансмиссией.

При дтп будут большие проблемы.

Смотрите, например, здесь: zen.yandex.ru

Вы повторяетесь изо дня в день, Андрей. Да, инспектор может это заметить.

Послушайте, вы этот вопрос уже десятки раз задавали. Вам на него десятки раз ответили.