Применение правил и расчетов налогов при приобретении квартиры по договору долевого участия - что нужно знать и как доказать свою правоту?

Здравствуйте, Екатерина! Согласно пункту 2 статьи 217.1 НК РФ срок владения действительно отсчитывается с момента полной оплаты по ДДУ без учета доплат за разницу в метраже:

В целях настоящей статьи в случае продажи жилого помещения или доли (долей) в нем, приобретенных налогоплательщиком по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством), по договору об участии в жилищно-строительном кооперативе, минимальный предельный срок владения таким жилым помещением или долей (долями) в нем исчисляется с даты полной оплаты стоимости такого жилого помещения или доли (долей) в нем в соответствии с соответствующим договором, в которой для указанных целей не учитывается дополнительная оплата в связи с увеличением площади указанного жилого помещения после ввода в эксплуатацию соответствующего объекта строительства. В случае продажи жилого помещения или доли (долей) в нем, приобретенных налогоплательщиком по договору уступки прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством), минимальный предельный срок владения таким жилым помещением или долей (долями) в нем исчисляется с даты полной оплаты прав требования в соответствии с таким договором уступки прав требования.

Однако если у Вас нет подтверждающих оплату документов, то попробуйте взять у застройщика, заверенные копии приходных документов о поступлении денежных средств. Вполне возможно, что для налоговой этого будет достаточно.