Скажите пожалуйста можно ли не часть долга погасить материнским капиталом, а внести им первоначальный взнос на получение ипотеки?

Теоретически - можно.

Правила

направления средств (части средств) материнского (семейного) капитала на улучшение жилищных условий

(утв. постановлением Правительства РФ от 12 декабря 2007 г. N 862)

"1. Настоящие Правила устанавливают виды расходов, на которые могут быть направлены средства (часть средств) материнского (семейного) капитала для улучшения жилищных условий, порядок подачи заявления о распоряжении этими средствами и перечень документов, необходимых для рассмотрения заявления, а также порядок и сроки перечисления указанных средств.

2. Лицо, получившее государственный сертификат на материнский (семейный) капитал (далее - сертификат), вправе использовать средства (часть средств) материнского (семейного) капитала:

на приобретение или строительство жилого помещения, осуществляемые гражданами посредством совершения любых не противоречащих закону сделок и участия в обязательствах (включая участие в жилищных, жилищно-строительных и жилищных накопительных кооперативах), путем безналичного перечисления указанных средств организации, осуществляющей отчуждение (строительство) приобретаемого (строящегося) жилого помещения, либо физическому лицу, осуществляющему отчуждение приобретаемого жилого помещения, либо организации, в том числе кредитной, предоставившей по кредитному договору (договору займа) денежные средства на указанные цели;