Неясность расчета госпошлины - почему удовлетворенный частично иск не привел к соответствующей компенсации?

Вы вправе подать частную жалобу.

Расходы по неимущественным требованиям таким способом не распределяются, подайте частную жалобу.

Изучите Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 21.01.2016 N 1 "О некоторых вопросах применения законодательства о возмещении издержек, связанных с рассмотрением дела".

П. 21 Положения процессуального законодательства о пропорциональном возмещении (распределении) судебных издержек (статьи 98, 102, 103 ГПК РФ, статья 111 КАС РФ, статья 110 АПК РФ) не подлежат применению при разрешении:

иска неимущественного характера, в том числе имеющего денежную оценку требования, направленного на защиту личных неимущественных прав (например, о компенсации морального вреда);

иска имущественного характера, не подлежащего оценке (например, о пресечении действий, нарушающих право или создающих угрозу его нарушения);

требования о взыскании неустойки, которая уменьшается судом в связи с несоразмерностью последствиям нарушения обязательства, получением кредитором необоснованной выгоды (статья 333 ГК РФ);

требования, подлежащего рассмотрению в порядке, предусмотренном КАС РФ, за исключением требований о взыскании обязательных платежей и санкций (часть 1 статьи 111 указанного кодекса).

Вместе с тем правило о пропорциональном возмещении (распределении) судебных издержек применяется по экономическим спорам, возникающим из публичных правоотношений, связанным с оспариванием ненормативных правовых актов налоговых, таможенных и иных органов, если принятие таких актов возлагает имущественную обязанность на заявителя (часть 1 статьи 110 АПК РФ.