Как снять с регистрации сына в Москве без его паспорта?

Не может. Можно просто сняться с регистрации "в никуда", без последующей постановки на регистрационный учёт по новому месту жительства на территории России.

Приказ МВД России от 31.12.2017 N 984 "Об утверждении Административного регламента Министерства внутренних дел Российской Федерации по предоставлению государственной услуги по регистрационному учету граждан Российской Федерации по месту пребывания и по месту жительства в пределах Российской Федерации" (Зарегистрировано в Минюсте России 05.04.2018 N 50635)

2. Заявителями являются:

2.1. Граждане Российской Федерации, достигшие 14-летнего возраста.

2.2. Один из родителей, усыновителей, опекунов или попечителей гражданина Российской Федерации - в отношении несовершеннолетних граждан со дня рождения и до достижения ими 14-летнего возраста или граждан, признанных судом недееспособными (ограниченно дееспособными).

90. Основанием для начала административной процедуры является подача лично заявителем заявления о регистрации, снятии с регистрационного учета и прилагаемых документов, необходимых для предоставления государственной услуги, оформленных надлежащим образом:

на бумажном носителе ответственному лицу с представлением документов, предусмотренных пунктами 40, 41, 44 - 50 Административного регламента;

на бумажном носителе в орган регистрационного учета посредством почтового отправления, с представлением документов, предусмотренных пунктом 43 Административного регламента;

на бумажном носителе непосредственно в орган регистрационного учета с представлением документов, предусмотренных пунктом 51, подпунктом 53.1 пункта 53, подпунктом 54.1 пункта 54 Административного регламента;

в форме электронного документа с использованием Единого портала.