Он победил первый суд, но проиграл второй - студент-военнослужащий рискует отчислением из института

Собственное желание это фактически нежелание учиться и Вам придётся возместить затраты на Ваше обучение.

В соответствии со ст. 35 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе», граждане, отчисленные из ВУЗов за недисциплинированность, неуспеваемостьили нежелание учиться, либо отказавшиеся заключить контракты о прохождении военной службы, возмещают средства федерального бюджета, затраченные на их военную или специальную подготовку. Порядок исчисления размера возмещаемых средств определяется Постановлением Правительства РФ N 402 от 25.06.2007 г., которым утверждена «Методика исчисления размера подлежащих возмещению средств федерального бюджета, затраченных на военную или специальную подготовку граждан Российской Федерации в военных образовательных учреждениях профессионального образования». Согласно подпункту «а» пункта 7 данной методики, граждане возмещают средства федерального бюджета, затраченные на военную подготовку, по текущему значению суммы подлежащих возмещению средств.

Вопрос о проверке конституционности пункта 7 статьи 35 Федерального закона «О воинской обязанности и военной службе» являлся предметом проверки Конституционного Суда Российской Федерации. В Определении от 08 февраля 2011 года N 129-О-О Конституционный Суд Российской Федерации указал, что предусмотренное названной статьей правовое регулирование, направленное на покрытие расходов государства по обеспечению потребности Вооруженных Сил Российской Федерации в квалифицированных военных кадрах для осуществления его функций в области обороны и безопасности, которые оказались неоправданными по вине граждан, отчисленных из военных образовательных учреждений профессионального образования, не нарушает баланс между правами и свободами указанных лиц и правомерными публичными интересами общества и государства; кроме того, данное регулирование не противоречит и конституционному принципу равенства, поскольку учитывает различия в правовом статусе граждан, обучающихся в военных образовательных учреждениях профессионального образования и, как следствие, являющихся военнослужащими, и лиц, реализовавших свое право на получение высшего профессионального образования посредством поступления в гражданское образовательное учреждение и обучения в нем.

Таким образом, наступление обязанности лица, отчисленного из военно-образовательного учреждения, по возмещению расходов, затраченных на его военную и специальную подготовку, равно как и порядок определения размера данных расходов, установлены императивными правовыми нормами.

Так что, чтобы не возмещать обучение, нужно, чтобы была уважительная причина.

Они должны быть в контракте указаны по идее.