Как выделить определенные квадраты при получении свидетельства о праве собственности?

Нет, неправомерно, поэтому придется обращаться в суд с иском об установлении порядка пользования жилым помещением.

Правомерно ли что бывший муж откажет в выдаче ключей на квартиру, когда у меня на руках будет свидетельство о собственности?

Нет.

Нормы права:

Право собственности на недвижимое имущество возникает с момента государственной регистрации такого права, а именно с момента внесения соответствующей записи в единый государственный реестр (в частности, в ЕГРН).

И еще:

Читайте внимательно:

10. Лицо, право которого нарушено, может прибегнуть к его самозащите, соответствующей способу и характеру нарушения (статья 14 ГК РФ). Возможность самозащиты не исключает права такого лица воспользоваться иными способами защиты, предусмотренными статьей 12 ГК РФ, в том числе в судебном порядке.

По смыслу статей 1 и 14 ГК РФ самозащита гражданских прав может выражаться, в том числе, в воздействии лица на свое собственное или находящееся в его законном владении имущество. Самозащита может заключаться также в воздействии на имущество правонарушителя, в том случае если она обладает признаками необходимой обороны (статья 1066 ГК РФ) или совершена в состоянии крайней необходимости (статья 1067 ГК РФ).

Постановление Пленума Верховного Суда РФ от 23.06.2015 N 25 "О применении судами некоторых положений раздела I части первой Гражданского кодекса Российской Федерации"

Правомерно, так как такой комнаты, которая бы соответствовала Вашей доли, не имеется.

А потому пока не будет судебного решения, может не впускать Вас.

Заявите иск об определении порядка пользования или взыскании компенсации с него за пользование Вашей долей..