Военкомат его не трогал, но сейчас сказали, что всех призовут альтернативчиков.

Ну, если подпадает под действие указанной нормы, делать ничего не надо. А относительно отсрочки - закон и сейчас не предусматривает отсрочки, кроме случаев, прямо указанных в законе. И если обучение проходит не в ведомственном институте, то права на отсрочку все равно нет и сейчас.

Федеральный закон от 28 марта 1998 г. N 53-ФЗ

"О воинской обязанности и военной службе"

(с изменениями от 21 июля 1998 г., 7 августа, 7 ноября 2000 г., 12 февраля, 19 июля 2001 г., 13 февраля, 21 мая, 28 июня, 25 июля, 30 декабря 2002 г., 22 февраля, 30 июня, 11 ноября, 23 декабря 2003 г., 22 февраля, 22, 26 апреля, 19, 29 июня, 22 августа 2004 г.)

" Статья 24. Отсрочка от призыва граждан на военную службу

1. Отсрочка от призыва на военную службу предоставляется гражданам:

з) окончившим государственные, муниципальные или имеющие государственную аккредитацию по соответствующим направлениям подготовки (специальностям) негосударственные образовательные учреждения высшего профессионального образования и проходящим службу в органах внутренних дел, Государственной противопожарной службе Министерства Российской Федерации по делам гражданской обороны, чрезвычайным ситуациям и ликвидации последствий стихийных бедствий, учреждениях и органах уголовно-исполнительной системы, органах по контролю за оборотом наркотических средств и психотропных веществ и таможенных органах Российской Федерации, а также обучающимся в образовательных учреждениях указанных органов или окончившим данные образовательные учреждения и получившим специальные звания, - на время службы в этих органах".