Сумма то не велика, но боюсь не накажут ли штрафом, за то что не провёл его как нужно?

Здравствуйте! А Вы что платили наличными и расписок с него не брали, ведомости по зарплате не подписывали? И про истечение срока исковой давности (3 месяца) не указывали? Если он Ваш бывший работник, и зарплату Вы ему выплачиваете по решению суда, то в случае невозможности исчислить и уплатить НДФЛ, это делает сам работник. + за него еще взносы в ПФ платить нужно было (это пеня и недостоверная информация в отчетах - штраф). Информации как-то недостаточно.