Как защитить свои права при незаконном заселении жильцов без согласия другого собственника?

Выселить могут только на основании судебного решения и только приставы.

Выселение незаконно вселившихся лиц - это гражданское дело, по закону только приставы могут их выселить принудительно, после вступления решения суда в законную силу.

На практике Вы можете просто поменять замки, когда их не будет дома, и оставить на двери записку с телефоном, по которому с Вами можно договориться забрать свои вещи (хищение / уничтожение чужих вещей - это уголовное преступление). Собственник может жить сам, но без Вашего согласия не имеет права никого вселять или регистрировать. Принудительное вселение, если второй собственник против, тоже осуществляется через суд и с помощью приставов, т.е. Вы не обязаны отдавать ему новые ключи по его требованию добровольно. Попробуйте договориться с участковым, чтобы он Вам акт составил о проживании / нахождении в Вашем жилье посторонних людей - в будущем этот акт может хорошо помочь, если второй собственник вселится через суд и опять кого-нибудь заселит. Также можно подумать о принудительном выкупе доли второго собственника, если квартира неделимая, а он в ней не зарегистрирован.

Подать иск в суд о выселении, провести дело в суде.

Вы можете воспользоваться для этого услугами юриста, расходы на которого взыскать с ответчика на основании ст.ст. 98, 100 ГПК РФ.