Врач дал освобождение на 5 суток, имеет ли право командир положить в санчасть

Ваш командир просто "зеленый" или просто не знает устав. Если просто освобождение, то это заключение обязательно для командиров всех рангов, просто многие об этом не знают:

Устав ВС РФ

После осмотра врачом (фельдшером) заболевшие в зависимости от характера заболевания направляются для лечения в лазарет медицинского пункта полка или госпиталь, а при необходимости в другие учреждения государственной или муниципальной системы здравоохранения либо им назначается амбулаторное лечение.

Военнослужащие, проходящие военную службу по контракту, по заключению врача могут оставаться для лечения на квартирах (на дому).

После получения медицинской помощи солдаты и сержанты возвращаются в роту под командой санитарного инструктора или старшего команды. Санитарный инструктор или старший команды передает книгу записи больных дежурному по роте, который представляет ее командиру роты. Старшина роты по заключению врача, имеющемуся в книге записи больных, и соответствующему решению командира роты отдает необходимые указания.

359. Заключение о частичном или полном освобождении военнослужащего от исполнения должностных и специальных обязанностей, занятий и работ дается врачом на срок до шести суток, а в воинских частях, где должность врача штатом не предусмотрена, — фельдшером на срок до трех суток. В случае необходимости освобождение может быть продлено.Рекомендации врача (фельдшера) о частичном или полном освобождении военнослужащего от исполнения обязанностей подлежат обязательному выполнению должностными лицами.