Но нам пришел отказ, в связи с тем, что уже воспользовались компенсацией, как многодетные.

В какой такой ситуации? Это всё государственные деньги, вы выплату уже получили! В данной ситуации, аппетиты нужно просто умерить, и всё.

Здравствуйте Ольга!

Тут все просто

Если вам возникло два обстоятельства предоставления ЕДВ взамен предоставления земельного участка, то вы можете использовать только один по вашему выбору, чем вы и воспользовались в соответствии с п.11.1 ст. 8. Меры социальной поддержки многодетных семей Закона Новосибирской области от 06.10.2010 N 533-ОЗ "О социальной поддержке многодетных семей на территории Новосибирской области"

Граждане, имеющие трех и более детей, состоящие на учете в качестве лиц, имеющих право на предоставление земельного участка для индивидуального жилищного строительства, а также на учете в качестве нуждающихся в жилом помещении, предоставляемом по договору социального найма, с их согласия могут получить взамен предоставления земельного участка для индивидуального жилищного строительства единовременную денежную выплату

Ветераны боевых действий тоже имеют право на компенсацию за земельный участок. Но нам пришел отказ, в связи с тем, что уже воспользовались компенсацией, как многодетные. Правомерен ли отказ?

Не хочется вас разочаровывать, но отказ основывается как раз на норме ч.2 ст. 23.1. Ежемесячная денежная выплата ветеранам Федерального закона от 12.01.1995 N 5-ФЗ "О ветеранах", в которой установлено, в частности,

2. Если гражданин одновременно имеет право на ежемесячную денежную выплату по настоящему Федеральному закону и по другому федеральному закону или иному нормативному правовому акту независимо от основания, по которому она устанавливается..., ему предоставляется одна ежемесячная денежная выплата либо по настоящему Федеральному закону, либо по другому федеральному закону или иному нормативному правовому акту по выбору гражданина.

Т.е., проще говоря, если вы уже получили ЕДВ по закону Новосибирской области, то в предоставлении ЕДВ по ст.16 Меры социальной поддержки ветеранов боевых действий Закона о ветеранах вам отказали правомерно