«Как защитить себя от нежелательного ухода сотрудника по декрету, если в договоре не указана ставка?»

Здравствуйте. С правовой точки зрения - нет оснований для беспокойства. Если у Вас в трудовом договоре указано, что на "неопределенный срок", значит это никак не срочный трудовой договор (ст. 59 ТК РФ), на время исполнения обязанностей отсутствующего работника, за которым сохраняется место работы. Сама по себе форма трудового договора уже Вас защищает. У работодателя нет оснований (ст. 79 ТК РФ) для прекращения трудового с Вами, если прежний сотрудник выйдет на работу. Это будет незаконно. Как быть?! - не писать заявление на увольнение по собственному желанию, равным образом - не соглашаться с переводом на другую должность (перевод на другую работу допускается только с письменного согласия работника - ст. 72.1 ТК РФ) и ни в коем случае не подписывать новый, уже срочный договор, который Вам могут предложить подписать. В соответствии со ст. 58 ТК РФ, запрещается заключение срочных трудовых договоров в целях уклонения от предоставления прав и гарантий, предусмотренных для работников, с которыми заключается трудовой договор на неопределенный срок. При необходимости, всегда можно обратиться с жалобой в Госинспекцию труда.

Декретнице обязаны предоставить её рабочее место и должность, а работодателю только штат увеличивать по данной должности или предложить вам другую должность, что и пытается сделать видимо работодатель. Не могут 2 человека на одной ставке работать. Искать компромисс придётся однако. Работодатель однозначно нарушил ТК РФ.