Определение порядка пользования долей в квартире - важно ли оно и возможно ли выделение долей в натуре через суд в данной ситуации?

В натуре в квартире выделить комнату нельзя, да в этом и нет необходимости, думаю, что риелторы имеют ввиду определение порядка пользования квартирой. У Вас соглашение уже имеется.

Критерии возможности осуществления реального раздела квартиры в многоквартирном доме определены в п. 12 Постановления Пленума Верховного Суда Российской Федерации N 8 от 24 августа 1993 года "О некоторых вопросах применения судами Закона Российской Федерации "О приватизации жилищного фонда в Российской Федерации", согласно которому выдел участнику общей собственности на приватизированное жилое помещение, представляющее собой отдельную квартиру, принадлежащей ему доли допустим, если имеется техническая возможность передачи истцу изолированной части не только жилых, но и подсобных помещений (кухни, коридора, санузла и др.), оборудования отдельного входа.

Таким образом, с учетом положений главы 18 ГК РФ, в частности ст. 289 ГК РФ, объектом недвижимости, то есть единицей комплекса недвижимого имущества, выделенной в натуре, признается именно квартира, а не комната, являющаяся ее частью и вещественным выражением доли в праве общей долевой собственности на квартиру, в связи с чем, объектом права собственности может являться именно квартира в целом, а комната может быть выделена в натуре и быть объектом права собственности исключительно при условии, если возможно устройство по сути самостоятельных двух квартир.

Удачи!