Вопросы оплаты суммы по договору и проведения удержанной суммы - последовательность и классификация

Прошу помочь разобраться в следующем вопросе. Согласно Договору подряда, Генподрядчик, в случае нарушения Подрядчиком сроков выполнения работ по Договору, имеет право взыскать неустойку в размере 0.5% от цены договора за каждый день просрочки, путем ее удержания из любых причитающихся Подрядчику платежей. Просрочка исполнения есть, сумма неустойки составляет 100 000 руб. Был перечислен аванс. Работы выполнены, КС подписаны. Хотим при перечислении оставшейся суммы по договору удержать сумму неустойки в соответствии со ст 410 ГК РФ, направив Подрядчику Заявление (уведомление) о зачете взаимных однородных требований. Согласно информционному письму ВАС N65 от 29/11/2001 для прекращения обязательства зачетом встречного однородного требования необходимо, чтобы заявление о зачете было получено соответствующей стороной. Постановление ВАС от 19 июня 2012 г N 1394/12 полностью подтверждает законность данного удержания, поскольку встречные требования об уплате неустойки и о взыскании задолженности являются, по существу, денежными, то есть однородными, и при наступлении срока исполнения могут быть прекращены зачетом по правилам статьи 410 Гражданского кодекса. Вопросы следующие: 1. Какова последовательнось оплаты оставшейся суммы по договору-только после получения Уведомления о зачете взаимных требований или можно сначала недоплатить и потом только направить уведомление? 2. Глав бух категоричеки против, поскольку не знает, как провести эту удержанную сумму (согласно Письму Минфина РФ от 10.09.2012 №03-03-06/1/480 датой получения доходов в виде штрафов и пеней за нарушение договорных обязательств признается (пп.4 п.4 ст. 271 НК РФ)-либо дата признания должником-либо дата вступления в законную силу решения суда. Глав бух считает неправильным отнесения удержанной суммы к внереализационным доходам.