Но зачесть нам фактически нечем, т.к кампания-перевозчик работает без НДС.

Юлия, при оформлении договорных отношений Вы должны стремится к ситуации, в которой услуги поставщика по организации перевозки являются элементами договора поставки, а его деятельность квалифицируется как деятельность посредника, действующего в чужом интересе (комиссионера, агента - главы 50-52 ГК РФ).

Ваша организация, получив счет-фактуры от транспортной организации, хранит их в журнале учета полученных счетов-фактур, но в книге покупок не регистрирует (п.п.3, 11 Правил ведения журналов учета полученных и выставленных счетов-фактур, книг покупок и книг продаж при расчетах по НДС, утв. Пост.Правительства РФ от 02.12.2000 N 914). В книге продаж посредника регистрируются счет-фактуры, выставленные Вашей организацией покупателю на сумму своего вознаграждения (п.24 Правил).

Налоговой базой по НДС у Вас, в таком случае, является сумма дохода, полученная в виде вознаграждения (п.1 ст.156 НК РФ). Обратите внимание, что операции по реализации услуг на безвозмездной основе признаются объектом налогообложения по НДС (пп.1 п.1 ст.146 НК РФ). В этом случае налоговая база по НДС определяется в порядке, предусмотренном п.2 ст.154 НК РФ.

Если условиями договора определено, что что сумма вознаграждения за транспортные услуги включена в стоимость товара, доставка будет считаться самостоятельно реализуемой услугой, которая является объектом обложения НДС. При этом Вы выставляете счет-фактуру (регистрируете в книге продаж - пп.16,17 Правил) с выделенной суммой НДС (пп.1,3,4 ст.168 НК РФ), которую исчисляете и уплачиваете в бюджет.