Обязаны ли компании с филиалами в районах приравненных к крайнему северу выплачивать льготный отпуск сотрудникам?

Согласно статьи 126 Трудового кодекса РФ:

Часть ежегодного оплачиваемого отпуска, превышающая 28 календарных дней, по письменному заявлению работника может быть заменена денежной компенсацией.

При суммировании ежегодных оплачиваемых отпусков или перенесении ежегодного оплачиваемого отпуска на следующий рабочий год денежной компенсацией могут быть заменены часть каждого ежегодного оплачиваемого отпуска, превышающая 28 календарных дней, или любое количество дней из этой части.

Не допускается замена денежной компенсацией ежегодного основного оплачиваемого отпуска и ежегодных дополнительных оплачиваемых отпусков беременным женщинам и работникам в возрасте до восемнадцати лет, а также ежегодного дополнительного оплачиваемого отпуска работникам, занятым на работах с вредными и (или) опасными условиями труда, за работу в соответствующих условиях (за исключением выплаты денежной компенсации за неиспользованный отпуск при увольнении).

Таким образом если это дополнительный отпуск работающим в районах Крайнего Севера и приравненных к ним местностях, он по Вашему заявлению может быть заменен компенсацией.

Как следует из формулировки это не обязанность. Могут заменить, а могут отказать и предоставить отпуск.