Что мне делать дальше

Значит так: исключить из списков личного состава воинской части Вас должны в течение месяца, после поступления выписки из приказа об увольнении.

А в вашем случае - в течение месяца с момента поступления командиру заключения ВВК, утвержденного центральной ВВК.

Сроков на издание приказа об увольнении не существует, поскольку время прохождения документов разное, зависит от состава военнослужащих и прав командиров на увольнение.Например, майор может быть уволен как приказом командующего флотом, так и приказом командующего округом, командующего родом войск, в зависимости от подчиненности воинской части.

Поскольку вы не указываете своего должностного статуса и воинского звания, предположу, что вы не офицер. Иначе не задавали бы такого вопроса.

Увольнение - не одномоментный акт. По меньшей мере для его реализации должно быть издано 2 приказа (сейчас в условиях ч/мобилизации). Об увольнении и об исключении из списков л/с воинской части (в этот день статус военнослужащего вы теряете). Поскольку вы не офицер, то даже с вашим заключением ВВК о не годности к военной службе представление об увольнении вас ваш командир НЕ НАПРАВЛЯЕТ вышестоящему начальнику (как предписывает алгоритм указа ПРФ 580 дсп - в условиях ч/мобилизации), а САМОСТОЯТЕЛЬНО , согласно указа ПРФ 647, исключает вас из списков л/с. Чувствую, ваш командир безпредельничает. Жалуйтесь прокурору немедленно. А еще лучше - подавайте административный иск в гарнизонный военный суд. Думаю, что на стадии подготовки к рассмотрению дела ваш командир быстро переобуется и и прямо в суд привезет приказ об исключении вас из списков.