Как будет засчитываться стаж 5 лет, работы в УИС, в гражданскую пенсию

В календарном исчислении. Никаких других особенностей нет.

Вы на какую пенсию претендуете, на страховую или по линии ФСИН?

Указанная вами работа по трудовому договору может засчитываться в льготный стаж по пункту 17 части 1 статьи 30, на работах с осужденными в качестве рабочих и служащих учреждений, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы, в календарном исчислении, если ваша профессия поименована в Списке №85

В силу пункта 17 части 1 статьи 30 Федерального закона от 28 декабря 2013 года N 400-ФЗ "О страховых пенсиях" страховая пенсия по старости назначается ранее достижения возраста, установленного статьей 8 данного Федерального закона, при наличии величины индивидуального пенсионного коэффициента в размере не менее 30 мужчинам по достижении 55 лет и женщинам по достижении 50 лет, если они были заняты на работах с осужденными в качестве рабочих и служащих учреждений, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы, соответственно не менее 15 лет и 10 лет и имеют страховой стаж соответственно не менее 25 и 20 лет.

Период службы в ФСИН может быть засчитан в страховой стаж (календарно) для назначения страховой пенсии в зависимости от периода службы, имевшие место до 01.01.2002г или после 01.01.2002 года и от наличия/ отсутствия права на пенсию по выслуге лет по Закону Российской Федерации от 12.02.1993г. №4468-1

Постановление Правительства РФ от 03.02.1994 N 85

(ред. от 24.12.2014)

"Об утверждении списка работ, профессий и должностей работников учреждений, исполняющих уголовные наказания в виде лишения свободы, занятых на работах с осужденными, пользующихся правом на пенсию в связи с особыми условиями труда"

Так и будет засчитываться как 5 лет стажа в УИС.