Каким образом предоставляются "возражения", есть ли образец заявления?

Нужного Вам образца не существует, необходимо в произвольной письменной форме направить свои возражения в Арбитражный суд. Сумму штрафа могут уменьшить, если есть на это обстоятельства, смягчающие Вашу ответственность. В соответствии со ст.111 НК РФ существуют обстоятельства, исключающие ответственность:

1) совершение деяния, содержащего признаки налогового правонарушения, вследствие стихийного бедствия или других чрезвычайных и непреодолимых обстоятельств (указанные обстоятельства устанавливаются наличием общеизвестных фактов, публикаций в средствах массовой информации и иными способами, не нуждающимися в специальных средствах доказывания);

2) совершение деяния, содержащего признаки налогового правонарушения, налогоплательщиком - физическим лицом, находившимся в момент его совершения в состоянии, при котором это лицо не могло отдавать себе отчета в своих действиях или руководить ими вследствие болезненного состояния (указанные обстоятельства доказываются предоставлением в налоговый орган документов, которые по смыслу, содержанию и дате относятся к тому налоговому периоду, в котором совершено налоговое правонарушение);

3) выполнение налогоплательщиком или налоговым агентом письменных разъяснений по вопросам применения законодательства о налогах и сборах, данных финансовым органом или другим уполномоченным государственным органом или их должностными лицами в пределах их компетенции (указанные обстоятельства устанавливаются при наличии соответствующих документов этих органов, которые по смыслу и содержанию относятся к налоговым периодам, в которых совершено налоговое правонарушение, вне зависимости от даты издания этих документов).

2. При наличии обстоятельств, указанных в пункте 1 настоящей статьи, лицо не подлежит ответственности за совершение налогового правонарушения.

Скорее всего Вам придется воспользоваться основаниями, предусмотренными ст 112:

Статья 112. Обстоятельства, смягчающие и отягчающие ответственность за совершение налогового правонарушения

1. Обстоятельствами, смягчающими ответственность за совершение налогового правонарушения, признаются:

1) совершение правонарушения вследствие стечения тяжелых личных или семейных обстоятельств;

2) совершение правонарушения под влиянием угрозы или принуждения либо в силу материальной, служебной или иной зависимости;

3) иные обстоятельства, которые судом могут быть признаны смягчающими ответственность.

4. Обстоятельства, смягчающие или отягчающие ответственность за совершение налогового правонарушения, устанавливаются судом и учитываются им при наложении санкций за налоговые правонарушения в порядке, установленном статьей 114 настоящего Кодекса.

Статья 114. Налоговые санкции

3. При наличии хотя бы одного смягчающего ответственность обстоятельства размер штрафа подлежит уменьшению не меньше, чем в два раза по сравнению с размером, установленным соответствующей статьей главы 16 настоящего Кодекса за совершение налогового правонарушения.

Есть судебная практика по которой размер штрафа снижался и составлял 500 руб.

Успехов!