Подскажите как быть в такой ситуации, ведь указанная сумма в заявлении не меньше долга, почему пени будут не списаны?

Вы должны были подать с указанием отдельно денежных обязательств и (или) обязанности по уплате обязательных платежей, которые возникли в результате осуществления гражданином предпринимательской деятельности.

Наименование налога, сбора или иного обязательного платежа

Недоимка

Штрафы, пени и иные санкции

По истечении шести месяцев со дня включения сведений о возбуждении процедуры внесудебного банкротства гражданина в Единый федеральный реестр сведений о банкротстве завершается процедура внесудебного банкротства гражданина и такой гражданин освобождается от дальнейшего исполнения требований кредиторов, указанных им в заявлении о признании его банкротом во внесудебном порядке, с учетом общего размера денежных обязательств и обязанностей по уплате обязательных платежей, предусмотренного пунктом 1 статьи 223.2 настоящего Федерального закона.

Задолженность гражданина перед кредиторами, указанными им в заявлении о признании его банкротом во внесудебном порядке, признается безнадежной задолженностью.

Если в заявлении гражданина о признании его банкротом во внесудебном порядке указана сумма требований кредитора, которая меньше действительной суммы требований кредитора, гражданин освобождается от обязательств перед этим кредитором в размере суммы, указанной в заявлении.

Как видите закон содержит требования указать отдельно пени, но при этом указывает на общую сумму требований кредитора.

Подайте жалобу руководителю ИФНС, затем иск в суд.