Как реализовать решение ВВК о негодности после протезирования?

Это нужно понимать так, что некий медицинский специалист, печатавший выписной эпикриз (не заключение ВВК, как я понимаю с ваших слов) решил по личной инициативе подменить собой положения Фед. закона 53 и ПОППВС (указ ПРФ 1237) о порядке увольнения с военной службы в части касающейся сроков издания приказа об увольнении и исключении из списков л/с части должностным лицом, имеющим на это право для соответствующей категории военнослужащих.

Приказ об увольнении с военной службы в случае признания вас не годным к таковой вправе (обязан) издать командир воинской части (если вы не офицер), поскольку в данном случае алгоритм увольнений по указу пРФ (аттест. комиссия и представление на имя командующего войсками округа (по указу ПРФ 580 дсп и его новой редакции - указу 248) не задействуется. Вы ПОДЛЕЖИТЕ увольнению, а не можете быть уволены (в чем разница между этими двумя понятиями см. в части 1 и 2 ст. 51 ФЗ 53). Причем таковое ваше увольнение с военной службы должно быть произведено не тогда, когда соизволит система выдать вам протез, а в строго установленные законом сроки.

Срок увольнения в вашем случае (это издание приказа об увольнении , обеспечение вас положенными видами довольствия (отпуска, вещевка, деньги) и издание приказа об исключении из списков личного состава воинской части установлен ПОППВС — один месяц (см. пункт 15 статьи 34 Положения о порядке прохождения военной службы):

15. Исключение из списков личного состава воинской части военнослужащего, признанного военно-врачебной комиссией негодным к военной службе и нуждающимся в освобождении от исполнения служебных обязанностей и уволенного с военной службы, производится не позднее чем через месяц со дня получения воинской частью заключения военно-врачебной комиссии, не считая времени нахождения военнослужащего в отпуске (отпусках).