Как оптимизировать налогообложение при аренде здания с землей?

1. А какая налоговая выгода от таких действий. Не проще ли ООО перейти на УСН, если есть для этого основания и выбрать в качестве налогообложения 6% доходы или 15% доходы минус расходы.

2. Вы с братом хотите выйти из ООО. Но такое не возможно, поскольку согласно Закону Об ООО не допускается выход в результате которого в обществе не остаётся ни одного участника, а согласно Ваших вводных данных в обществе всего 2 участника Вы и брат. Общество также не может быть собственником своей доли, а если она и переходит к обществу, в случаях предусмотренных законом Об ООО, то в течение 1 года такая доля должна быть либо распределена между участниками, либо продана им или третьим лицам.

Таким образом, чтобы сделать выход и получить часть (долю) здания без ликвидации ООО необходимо ввести ещё какого-нибудь участника, который и останется в обществе после вашего выхода. Либо просто продать доли в здании от имени ООО вам и брату без выхода, но там свои вопросы налогообложения.

Кроме того, в случае выхода участника из общества ему выплачивается действительная стоимость доли в деньгах либо иным имуществом, а следовательно у выходящих участников, возникает объект налогообложения НДФЛ.

Что касается переоформления права на землю в этом случае, то она скорее всего потребуется. Так согласно ст. 35 Зем. кодекса РФ отчуждение доли в праве собственности на здание, строение, сооружение, находящиеся на земельном участке, принадлежащем на праве собственности нескольким лицам, влечет за собой отчуждение доли в праве собственности на земельный участок, размер которой пропорционален доле в праве собственности на здание, строение, сооружение. По всей видимости по аналогии при отчуждении доли в здании необходимо заключать договор со множественностью лиц на стороне арендатора (вносить изменения в договор аренды). Более того, это подтверждается и п.3 ст. 36 Зем. кодекса РФ согласно которому в случае, если здание (помещения в нем), находящееся на неделимом земельном участке, принадлежит нескольким лицам на праве собственности, эти лица имеют право на приобретение данного земельного участка в общую долевую собственность или в аренду с множественностью лиц на стороне арендатора, если иное не предусмотрено настоящим Кодексом, федеральными законами, с учетом долей в праве собственности на здание.

В это случае лучше оплату действительной стоимости доли делать не долей в здании, а конкретными помещениями (частями) здания. Либо делать договор купли-продажи от общества Вам не доли а помещениями. В этом случае действует всё та же ст. 35 п. 4 которой говорит, что отчуждение здания, строения, сооружения, находящихся на земельном участке и принадлежащих одному лицу, проводится вместе с земельным участком, за исключением следующих случаев:

1) отчуждение части здания, строения, сооружения, которая не может быть выделена в натуре вместе с частью земельного участка.

Тогда никакого переоформления земли делать не нужно. А Вы с братом и ООО будет сдавать в аренду всё здание в виде конкретных помещений принадлежащих каждому на праве собственности.

3. Ну а по второму варианту Вы и так всё сами описали. Единственно. Вы можете оформить все договоры по второму варианту сроком до 1 года, тогда никаких регистраций не нужно будет.