Грозит ли наказание гражданину, написавшему жалобу на противоправные действия военных?

По закону, если обстоятельства, указанные в заявлении не подтверждаются, то при вынесении постановления об отказе в возбуждении уголовного дела должен быть рассмотрен вопрос о возбуждении уголовного дела за заведомо ложный донос.

Но это не значит, что по каждому факту выносят постановление о возбуждении уголовного дела. В первую очередь исходят из того, что любой субъект, написавший заявление о преступлении, субъективно полагает, что имело место совершение преступления, которое фактически не совершалось. Если субъект ошибочно считает о том, что совершено преступление, его невозможно привлечь к уголовной ответственности за заведомо ложный донос.

Другая ситуация: Иванов написал на Петрова заявление о том, что Петров украл деньги. При этом Иванов знает достоверно, что деньги похитил Сидоров (вот Вам признак "заведомости" ложного доноса.

В Вашей ситуации, когда заявитель написал заявление о совершении преступления, которое не подтвердилось, ни в коем случае не будет привлечен за заведомо ложный донос, поскольку он субъективно полагает (независимо от того, подтвердилось это, либо нет), что имели место противоправные действия. Впредь, когда заявитель будет обращаться с заявлением о преступлении, пусть подстрахуется: не нужно в конце заявления писать "об уголовной ответственности по ст. 306 УК РФ за заведомо ложный донос предупрежден". И не нужно просить о привлечении у уголовной ответственности. После изложения всех фактов, в конце заявления нужно просто написать: "Прошу проверить факты, изложенные в заявлении в порядке ст.ст.144, 145 УПК РФ и дать юридическую оценку действиям соответствующих лиц". Вот тогда, ни при каких обстоятельствах не привлекут заявителя к уголовной ответственности даже в случае, если он донес заведомо ложно, поскольку в заявлении в этом случае нет подписки по ст. 306 УК РФ.