Обжаловать протокол АПН нужно до проведения разбора или после.

Протокол предполагает квалификацию Ваших действий должностным лицом на предмет соответствия их конкретной статье особенной части КоАП. Вы имеете право не согласившись с выводом должностного лица обжаловать его в суд или вышестоящему в порядке подчинения должностному лицу. Если Вы усматриваете нарушения в процессуальных действиях должностного лица, можете обжаловать и их вместе с выводом.