Как быть с командировочными расходами при переходе на контрактную систему по 44-ФЗ?

Нет, командировочные расходы не включены в Перечень, установленный статьей 1 названного Вами Федерального закона.

Командировочные Вы выплачиваете своим сотрудникам, а не сторонним исполнителям, поэтому торгов здесь быть не может. Это - трудовые отношения, которые регулируются совершенно иным законом - Трудовым кодексом РФ.

Данный аспект изменения не затрагивают, все остается как и прежде касаемо того что Вы указали.

Настоящий Федеральный закон регулирует отношения, направленные на обеспечение государственных и муниципальных нужд в целях повышения эффективности, результативности осуществления закупок товаров, работ, услуг, обеспечения гласности и прозрачности осуществления таких закупок, предотвращения коррупции и других злоупотреблений в сфере таких закупок, в части, касающейся:

1) планирования закупок товаров, работ, услуг;

2) определения поставщиков (подрядчиков, исполнителей);

3) заключения гражданско-правового договора, предметом которого являются поставка товара, выполнение работы, оказание услуги (в том числе приобретение недвижимого имущества или аренда имущества), от имени Российской Федерации, субъекта Российской Федерации или муниципального образования, а также бюджетным учреждением либо иным юридическим лицом в соответствии с частями 1, 4 и 5 статьи 15 настоящего Федерального закона (далее - контракт);

4) особенностей исполнения контрактов;

5) мониторинга закупок товаров, работ, услуг;

6) аудита в сфере закупок товаров, работ, услуг;

7) контроля за соблюдением законодательства Российской Федерации и иных нормативных правовых актов о контрактной системе в сфере закупок товаров, работ, услуг для обеспечения государственных и муниципальных нужд (далее - контроль в сфере закупок).