Как исключить бывшего владельца закрытого предприятия из реестра акционеров?

Владимир, если Ваш акционер - юридическое лицо, то принципиально, что собственно подразумевается под Вашими словами "владелец закрыл предприятие". Фактическое действие владельца по прекращению хозяйственной деятельности предприятия не имеет значения, если юридическое лицо не ликвидировано и данные об этом не внесены в ЕГРЮЛ. Пока этого не произошло именно юрлицо продолжает оставаться Вашим акционером.

Согласно ст.45 ФЗ Об акционерных обществах:

1. Внесение записи в реестр акционеров общества осуществляется по требованию акционера, номинального держателя акций или в предусмотренных настоящим Федеральным законом случаях по требованию иных лиц не позднее трех дней с момента представления документов, предусмотренных нормативными правовыми актами Российской Федерации. Нормативными правовыми актами Российской Федерации может быть установлен более короткий срок внесения записи в реестр акционеров общества.

(п. 1 в ред. Федерального закона от 05.01.2006 N 7-ФЗ)

Возьмите выписку из налоговой инспекции о ликвидации юрлица и исключайте из реестра.

Если юридическое лицо, являвшееся владельцем акций, в установленном законом порядке ликвидировано, то это не означает, что можно просто "исключить это лицо реестра акционеров". Необходимо установить нового владельца акций, которым может быть как владелец ликвидированного юридического лица, так и кто-либо из его кредиторов.