Недовольный работник жалуется на ИП во все инстанции - как защититься?

Привлеките его за клевету согласно ст.128.1 УК РФ

Ничего, это его право писать обращения. Гарантировано Конституцией. Обращения должны рассматривать. Вы просто давайте ответы на запросы органов в которые он жалуется. Когда-нибудь это ему самому надоест. Обращение куда-то в противовес является пустой тратой времени.

Можете в суде предъявить злоупотребление правами и требовать возмещения ущерба, если имеется (п. 4 ст. 10 ГК РФ: Если злоупотребление правом повлекло нарушение права другого лица, такое лицо вправе требовать возмещения причиненных этим убытков).

За клевету привлчесь по УК РФ нельзя, т.к. объектом преступления является клевета в отношении физического лица. Относительно клевету на юридическое лицо, повлекшее причинение ущерба, в связи с подрывом имиджа, репутации и т.д. можно обратиться в суд о соответствующей компенсации.

Ничего предпринять нельзя, остановить не сможете. Пройдет все инстанции и успокоится. Не реагировать, наверное, лучший ответ с Вашей стороны. Будете куда-то жалобы подавать, например, в полицию за клевету, он пойдет по инстанциям по втором кругу.

Если в его заявлениях сообщается о преступлении Вы вправе требовать привлечения его по УК РФ:

Статья 306. Заведомо ложный донос

1. Заведомо ложный донос о совершении преступления -

наказывается штрафом в размере до ста двадцати тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до одного года, либо обязательными работами на срок до четырехсот восьмидесяти часов, либо исправительными работами на срок до двух лет, либо принудительными работами на срок до двух лет, либо арестом на срок до шести месяцев, либо лишением свободы на срок до двух лет.

(в ред. Федерального закона от 07.12.2011 N 420-ФЗ)

вам нужно попытаться просчитать какие убытки материального характера вам нанес "недовольный человек" в результате необоснованных проверок и т.п. и обратиться в суд с иском на основании п.4 указанной статьи ( 4. Если злоупотребление правом повлекло нарушение права другого лица, такое лицо вправе требовать возмещения причиненных этим убытков. ) и потребовать возмещения убытков , а также потребовать возмещения морального вреда.