Как приватизировать землю под частным домом при совладении и отсутствии согласия одного из владельцев?

Нет, нельзя. Это противоречит земельному кодексу РФ, двоим возможна только аренда. Ч. 5 ст. 36 Кодекса.

5. Для приобретения прав на земельный участок граждане или юридические лица, указанные в настоящей статье, совместно обращаются в исполнительный орган государственной власти или орган местного самоуправления, предусмотренные статьей 29 настоящего Кодекса, с заявлением о приобретении прав на земельный участок.

Перечень документов, необходимых для приобретения прав на земельный участок, устанавливается федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере земельных отношений.

Определение Конституционного Суда РФ от 05.03.2004 N 82-О:

Пункт 5 статьи 36 Земельного кодекса Российской Федерации, предусматривающий совместное обращение в исполнительный орган государственной власти или орган местного самоуправления граждан или юридических лиц, являющихся сособственниками зданий, строений, сооружений, расположенных на земельном участке, для приобретения прав на данный участок, по своему смыслу в системе действующего правового регулирования направлен на защиту прав и законных интересов всех собственников этих зданий, строений, сооружений, расположенных на неделимом земельном участке, и не может служить препятствием для реализации ими как участниками долевой собственности правомочий по распоряжению принадлежащими им долями в праве собственности на соответствующие строения, а также основанием для отказа в эффективной судебной защите.