Можно ли прописать ребенка за счет его материнского капитала не в ту квартиру где он прописан (у отца) , в другую (с матерью) ?

Что-то Вы бред какой-то написали - причем здесь материнский капитал и регистрация по месту жительства???Материнский (семейный) капитал — форма государственной поддержки российских семей, воспитывающих детей. Эта поддержка оказывается с 1 января 2007 года по 31 декабря 2016 года при рождении или усыновлении второго, третьего или последующего ребёнка, имеющего российское гражданство при условии, что родители не воспользовались правом на дополнительные меры государственной поддержки.

Материнский капитал может быть потрачен только на следующие цели:

1. Улучшение жилищных условий

Погашение ипотечного кредита или другого кредита/займа, взятого с целью покупки жилья;

Реконструкция и ремонт жилого дома с увеличением жилой площади;

Компенсация за строительство дома;

Ремонт и строительство дома своими силами;

Долевое строительство;

Участие в жилищно-строительных кооперативах.

2.Получение образования

Проживание студента в общежитии образовательного учреждения

Оплата услуг образовательного учреждения

Оплата содержания ребёнка в детском саду

3.Пенсионные накопления матери (посредством инвестирования через негосударственный пенсионный фонд, Внешэкономбанк, управляющую компанию).

По общему правилу материнский капитал можно использовать после достижения ребёнком возраста трёх лет. Кроме случаев погашения кредита на приобретение жилья, строительства, реконструкции (в том числе погашения части ипотеки). На эти цели допускается расходование средств сразу после получения сертификата.

Материнский капитал нельзя положить на депозит или потратить, например, на автомобиль или погашение текущих задолженностей по потребительским кредитам и коммунальным услугам. Для защиты семейного капитала от неоправданной растраты родителями, обналичивание государственных сертификатов запрещено законом.