Налогообложение акций - вопросы законности удержания налога и определения суммы налога в 2014 году

Вопрос по налогообложению акций. Мой отец как физлицо владел пакетом акций завода ЧЭМК в Челябинске. Акции были обменены на 3 ваучера в процессе приватизации. Дивиденды по ним не платили (кажется, они были только голосующими). На бирже они не продавались и цена их долгое время оставалась низкой (около 4 руб.) В 2011 году завод произвел переоценку акций и цена их резко выросла до 18.5 руб. В налоговую службу депозитарий завода сообщил о полученном акционерами в связи с этим доходе, хотя реальных денежных доходов не было никаких. Акционеры об этом доходе узнали осенью 2012 года, когда получили предписание из налоговой с огромной суммой и штрафом в тысячу рублей (это в основном пенсионеры 80-90 лет). Налог был удержан, штраф тоже выплачен, т.к. доказать свое неведие персионеры не смогли. Чтобы вернуть потраченные деньги мой отец продал акции в 2013 году по цене 22 рубля за штуку. Теперь, по нашему семейному мнению, он должен подать декларацию и уплатить налог в 2014 году с дохода, полученного за счет увеличения цены акции с 18.5 руб до 22. В налоговой декларацию не приняли, объяснив, что налог 13% должен быть удержан со всей суммы продажи, а 2011 году доход был совсем другой! Вопроса 2: законно ли был удержан налог в 2012 году? И с какой суммы платить 13% в 2014?