Обнаружены нелегальные патроны при проверке хранения гладкоствольного оружия - что делать?

Нет, не правомерны, изъятие должно было произойти с протоколом.

В данном случае изъятие не правомерно, и не основано на законе.

Указанные патроны Ваша собственность и обязанности получать разрешение (лицензию) на их хранение у гражданина не имеется

Статья 22. Хранение гражданского и служебного оружия и патронов к нему

Хранение гражданского и служебного оружия и патронов к нему разрешается юридическим лицам и гражданам, получившим в органах внутренних дел разрешения на хранение или хранение и ношение оружия. Хранение гражданского оружия, которое приобретается без лицензии и регистрация которого в органах внутренних дел не требуется, осуществляется без разрешения на хранение оружия.

(в ред. Федерального закона от 10.07.2012 N 113-ФЗ)

ст. 22, Федеральный закон от 13.12.1996 N 150-ФЗ (ред. от 02.07.2013) "Об оружии" {КонсультантПлюс}

Вы можете обжаловать неправомерные действия должностного лица в судебном порядке. Либо обратиться в прокуратуру с жалобой

Принадлежавшие наследодателю оружие, сильнодействующие и ядовитые вещества, наркотические и психотропные средства и другие ограниченно оборотоспособные вещи входят в состав наследства и наследуются на общих основаниях, установленных настоящим Кодексом. На принятие наследства, в состав которого входят такие вещи, не требуется специального разрешения.

Статья 1180 Гражданского кодекса РФ

Патроны Вы имели право изготавливать и сам.

Обжалуйте изъятие в разрешительную систему , прокуратуру и в суд.

XI. Хранение оружия и патронов

54. Хранение оружия и патронов разрешается юридическим и физическим лицам, получившим в органах внутренних дел разрешения на хранение, или хранение и использование, или хранение и ношение оружия.

(в ред. Постановления Правительства РФ от 04.03.2010 N 124)

55. Юридические лица после получения в органах внутренних дел разрешений на хранение или на хранение и использование оружия в порядке, установленном Министерством внутренних дел Российской Федерации, обязаны хранить оружие и патроны в условиях, обеспечивающих их сохранность, безопасность хранения и исключающих доступ к ним посторонних лиц.

(в ред. Постановления Правительства РФ от 04.03.2010 N 124)

Оружие и патроны в соответствии с требованиями, установленными Министерством внутренних дел Российской Федерации, подлежат хранению в изолированных помещениях, специально оборудованных для этих целей, оснащенных техническими средствами охраны и иными средствами защиты, в запирающихся на замок сейфах или металлических шкафах. При этом объемы хранения патронов, дымного или бездымного пороха в заводских упаковках, сейфах или металлических шкафах определяются комиссией, образуемой в установленном порядке, исходя из требований противопожарной безопасности, но не более 50 килограммов расфасованного для розничной торговли дымного или бездымного пороха.

(в ред. Постановления Правительства РФ от 19.05.2007 N 301)

Постановление Правительства РФ от 21.07.1998 N 814 (ред. от 28.02.2013) "О мерах по регулированию оборота гражданского и служебного оружия и патронов к нему на территории Российской Федерации" (вместе с "Правилами оборота гражданского и служебного оружия и патронов к нему на территории Российской Федерации", "Положением о ведении и издании Государственного кадастра гражданского и служебного оружия и патронов к нему") {КонсультантПлюс}

Виталий, если изъятие не зафиксировано надлежащим образом, то я думаю проще будет о нём просто забыть.

Любые Ваши жалобы , как советуют некоторые коллеги, подтверждают то, что они у Вас были.

А так не было их и ладно. Если к Вам придут или вызовут, лучше просто отрицать их наличие и факт изъятия. Без доказательств они ничего Вам не сделают.