Зачет задолженности между ООО и ИП - возможно ли использовать договор зачета взаимных требований?

В соответствии со ст. 18 ГК РФ любой гражданин может иметь имущество на праве собственности; наследовать и завещать имущество; заниматься предпринимательской и любой иной не запрещенной законом деятельностью; создавать юридические лица самостоятельно или совместно с другими гражданами и юридическими лицами; совершать любые не противоречащие закону сделки и участвовать в обязательствах.

Согласно п. 1 ст. 23 ГК РФ гражданин вправе заниматься предпринимательской деятельностью без образования юридического лица с момента государственной регистрации в качестве индивидуального предпринимателя. Регистрация физического лица в качестве индивидуального предпринимателя не приводит к возникновению нового субъекта права (таким субъектом остается одно и то же физическое лицо). Указанная регистрация осуществляется исключительно в публичных интересах с целью подтверждения права физического лица на осуществление предпринимательской деятельности.

Гражданин, независимо от того, зарегистрирован он в качестве индивидуального предпринимателя или нет, приобретает и осуществляет права и обязанности под своим именем (п. 1 ст. 19 ГК РФ) и отвечает по своим обязательствам всем принадлежащим ему имуществом, за исключением имущества, на которое в соответствии с законом не может быть обращено взыскание (ст. 24 ГК РФ).

Отсюда следует, что юридически имущество индивидуального предпринимателя, используемое им в личных целях, не обособлено от имущества, непосредственно используемого для осуществления предпринимательской деятельности. Это касается любого имущества, в том числе денежных средств, принадлежащего лицу, зарегистрированному в качестве предпринимателя (смотрите, например, определение Конституционного Суда РФ от 15.05.2001 N 88-О, постановления ФАС Уральского округа от 10.06.2009 N Ф09-3754/09-С2, Восемнадцатого арбитражного апелляционного суда от 18.02.2009 N 18АП-498/2009).

Таким образом, регистрация в качестве индивидуального предпринимателя никак не влияет на права и обязательства гражданина -физ. лица , возникшие как в ходе предпринимательской деятельности, так и вне ее. Говоря простым языком, ИП и физическое лицо - это одно и то же лицо.

Что касается возможности зачёта, то честно говоря мне непонятно зачёт между кем.

Для зачёта необходимы встречные требования. Гражданин как физ. лицо и ИП не имеет между собой встречных требований, а если учесть, что это по сути одно и то же лицо, то о каком зачёте можно вести речь. Зачёт был бы возможен с ООО, но для этого ООО должно быть должно гражданину, а исходя из Вашего вопроса этого нет. Гражданин как физ. лицо и ИП должен ООО, а ООО не должно. В любом случае должен гражданин независимо от статуса.