По каким причинам может быть отчуждена квартира от добросовестного приобретателя?

Если вы имеете ввиду изъята, то по ст. 302 ГК РФ это возможно.

Статья 302. Истребование имущества от добросовестного приобретателя

1. Если имущество возмездно приобретено у лица, которое не имело права его отчуждать, о чем приобретатель не знал и не мог знать (добросовестный приобретатель), то собственник вправе истребовать это имущество от приобретателя в случае, когда имущество утеряно собственником или лицом, которому имущество было передано собственником во владение, либо похищено у того или другого, либо выбыло из их владения иным путем помимо их воли.

2. Если имущество приобретено безвозмездно от лица, которое не имело права его отчуждать, собственник вправе истребовать имущество во всех случаях.

3. Деньги, а также ценные бумаги на предъявителя не могут быть истребованы от добросовестного приобретателя.

Статья 303. Расчеты при возврате имущества из незаконного владения

При истребовании имущества из чужого незаконного владения собственник вправе также потребовать от лица, которое знало или должно было знать, что его владение незаконно (недобросовестный владелец), возврата или возмещения всех доходов, которые это лицо извлекло или должно было извлечь за все время владения; от добросовестного владельца возврата или возмещения всех доходов, которые он извлек или должен был извлечь со времени, когда он узнал или должен был узнать о неправомерности владения или получил повестку по иску собственника о возврате имущества.

Владелец, как добросовестный, так и недобросовестный, в свою очередь вправе требовать от собственника возмещения произведенных им необходимых затрат на имущество с того времени, с которого собственнику причитаются доходы от имущества.

Добросовестный владелец вправе оставить за собой произведенные им улучшения, если они могут быть отделены без повреждения имущества. Если такое отделение улучшений невозможно, добросовестный владелец имеет право требовать возмещения произведенных на улучшение затрат, но не свыше размера увеличения стоимости имущества.