Тогда оба супруга и все дети будут иметь доли в обеих квартирах?

В соответствии с ч.2 ст.34 Семейного кодекса РФ общим имуществом супругов являются недвижимое имущество, приобретённое за счёт общих доходов.Согласно ст.36 того же кодекса имущество, полученное каждым из супругов в дар,в порядке наследования или по другим безвозмездным сделкам(к таковым относится безвозмездная передача квартиры, то есть приватизация)- является собственностью каждого из супругов.Таким образом если муж приватизирует квартиру, то она будет его собственностью, на которую жена не сможет претендовать при разводе, как и муж на квартиру жены, которую приватизирует она.По этому вопросу не может быть разных точек зрения .Есть другой аспект проблемы.Часто бывает(но не в Вашем случае), когда другой супруг не зарегистрированный в квартире и не участвовавший в приватизации фактически в ней проживает и ведёт с собственником общее хозяйство как член семьи, а затем после развода собственник выгоняет бывшего супруга(супругу) из квартиры, тогда защищая своё право проживания(но не право собственности, которое и в этом случае не образуется),такой супруг может предъявить иск о признании права на жилую площадь, то есть право проживать и зарегистрироваться в квартире.Такие дела решаются судом в зависимости от представленных сторонами доказательств в соответствии со ст.53, 54 ЖК РФ, но с правами собственности не связаны.Если Вы захотите приватизировать ту квартиру, где зарегистрированы Вы и дети, то дети получат право на участие в приватизации и получат равные с Вами доли в квартире, а вот в квартире отца при приватизации доли у них нет и не будет, если до приватизации по согласию обоих родителей все дети или один из них не будут зарегистрированы у отца.При отсутствии завещания и наряду с другими наследниками по закону, дети будут только наследниками отца, если он к тому же не продаст или не подарит свою квартиру при жизни другим людям.Извините за проблемы, возникшие у Вас из-за различных толкований столь простого вопроса.