В военкомате сказали, что долги наследникам не положены.

Неправильно Вам сказали. Процитируйте им статью 1183 Гражданского кодекса РФ "Наследование невыплаченных сумм, предоставленных гражданину в качестве средств к существованию":

1. Право на получение подлежавших выплате наследодателю, но не полученных им при жизни по какой-либо причине сумм заработной платы и приравненных к ней платежей, пенсий, стипендий, пособий по социальному страхованию, возмещения вреда, причиненного жизни или здоровью, алиментов и иных денежных сумм, предоставленных гражданину в качестве средств к существованию, принадлежит проживавшим совместно с умершим членам его семьи, а также его нетрудоспособным иждивенцам независимо от того, проживали они совместно с умершим или не проживали.

2. Требования о выплате сумм на основании пункта 1 настоящей статьи должны быть предъявлены обязанным лицам в течение четырех месяцев со дня открытия наследства.

3. При отсутствии лиц, имеющих на основании пункта 1 настоящей статьи право на получение сумм, не выплаченных наследодателю, или при непредъявлении этими лицами требований о выплате указанных сумм в установленный срок соответствующие суммы включаются в состав наследства и наследуются на общих основаниях, установленных настоящим Кодексом.

Возьмите в военкомате письменный отказ в выплате пенсии умершего и обратитесь к мировому судье по месту нахождения военкомата с иском о взыскании причитающихся Вам сумм пенсии умершего отца.