Скажите пожалуйста как организация должна оплачивать больничный по беременности.

Вне зависимости оплачивается отпуск по беременности и родам. Обычный больничный, пусть он и был в период беременности, оплачивается с учетом непрерывного трудового стажа.

Федеральный закон от 22 декабря 2005 г. N 180-ФЗ

"Об отдельных вопросах исчисления и выплаты пособий по временной нетрудоспособности, по беременности и родам и размерах страхового обеспечения по обязательному социальному страхованию от несчастных случаев на производстве и профессиональных заболеваниях в 2006 году"

" Статья 2. Порядок исчисления пособия по временной нетрудоспособности и пособия по беременности и родам

1. Пособие по временной нетрудоспособности, а также пособие по беременности и родам женщинам, подлежащим обязательному социальному страхованию, исчисляются из средней заработной платы застрахованного лица, выплачиваемой ему работодателем, производящим выплату указанных пособий, за последние 12 календарных месяцев, предшествующих месяцу наступления временной нетрудоспособности, отпуска по беременности и родам, с учетом непрерывного трудового стажа (для пособий по временной нетрудоспособности) и других условий, установленных нормативными правовыми актами об обязательном социальном страховании".