Как избежать 13% налога при покупке дома по военной ипотеке?

Возможно. Продавец вправе использовать вычет 1 млн. (ст. 220 НК РФ)

Налог предусмотрен не при покупке а при продаже имущества - ст. 220 НК РФ

1. При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей статьей:

1) имущественный налоговый вычет при продаже имущества, а также доли (долей) в нем, доли (ее части) в уставном капитале организации, при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством);

2) имущественный налоговый вычет в размере выкупной стоимости земельного участка и (или) расположенного на нем иного объекта недвижимого имущества, полученной налогоплательщиком в денежной или натуральной форме, в случае изъятия указанного имущества для государственных или муниципальных нужд;

3) имущественный налоговый вычет в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них;

4) имущественный налоговый вычет в сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов на погашение процентов по целевым займам (кредитам), фактически израсходованным на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них, а также на погашение процентов по кредитам, полученным от банков в целях рефинансирования (перекредитования) кредитов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них.

Продавцу занижать цену не имеет смысла,так как дом находится в собственности более трех лет,следовательно полученные средства не подлежат налогобложению.

Покупатель имеет право на налоговый вычет от суммы 2млн руб в размере 13%=260 тысч.,если он данным вычетом не пользовался ранее.