Как получить возмещение ущерба с организации, чья машина и где работал виновник ДТП? Он,к сожалению, погиб.

Обратиться в суд, получить положительное решение, взять исполнительный лист и предъявить его к взысканию. Еще можно попытаться договориться до суда, но перспектива крайне сомнительна, хотя положительные случаи были.